Здесь мы должны проверить, равны ли значения во вложенном цикле и родительском цикле, а также, что должно быть выбрано
for(var i = 0; i< data.com.length; i++){
var selected = data.com[i].select_id;
if(data.com[i].dummy != null){
h += "<table><tr><td><input type='hidden' value='data.com[i].id'/></td><td><select>";
for(var j = 0; j < data.api.length; j++){
if( data.api[j].id == selected ){
h += '<option selected="selected" value=""></option>';
}else{
h += '<option value=""></option>';
}
}
h += '</select></td></table>';
}
}