Попробуйте эту версию. Работало нормально:
from os import *
cwd = getcwd()
cfiles = list()
for file in listdir(cwd):
if file[0] == ".":
continue
else:
cfiles.append(file)
print(cfiles)
Но довольно странно, что несколько файлов в списке cfiles (.gitignore и config.yml в моем случае при отладке) были проигнорированы, когда «c .. in» использовался с cfiles.
Надеюсь, решения помогут!