Ошибка при установке Plink2R в составе программного обеспечения Fusion / TWAS - PullRequest
Новая
       109

Ошибка при установке Plink2R в составе программного обеспечения Fusion / TWAS

0 голосов
/ 29 октября 2018

Я работаю на R3.4.2 и Rstudio 1.0.153. Я пробовал четыре способа установки пакета plink2R из «https://github.com/gabraham/plink2R" как часть установки программного обеспечения Fusion» http://gusevlab.org/projects/fusion/".

1) install.packages('plink2R-master/plink2R/',repos=NULL), как указано в "http://gusevlab.org/projects/fusion/", но я получаю следующую ошибку. 

Installing package into ‘C:/Users/n10125116/R/R-3.4.2/library’(as ‘lib’ is unspecified)
Error in install.packages : type == "both" cannot be used with 'repos = NULL'

2) install.packages('plink2R-master/plink2R/',repos=NULL, type = "binary") но я получаю следующую ошибку 

Installing package into ‘C:/Users/n10125116/R/R-3.4.2/library’(as ‘lib’ is unspecified)
 Error in install.packages : zip file ‘plink2R-master/plink2R/’ not found

3) Затем я скачал zip-архив с "https://github.com/gabraham/plink2R" и попытался установить его оттуда, но все равно не смог. Я использовал команду install.packages("C:/Users/n10125116/R/fusion_twas-master/plink2R-master/plink2R",repos=NULL,type="win.binary") и получил следующую ошибку 

Installing package into ‘C:/Users/n10125116/R/R-3.4.2/library’(as ‘lib’ is unspecified)
Warning in install.packages :
  error 1 in extracting from zip file
Warning in install.packages :
  cannot open compressed file 'plink2R/DESCRIPTION', probable reason 'No such file or directory'
Error in install.packages : cannot open the connection

4) devtools::install_github("gabraham/plink2R/plink2R", repos=NULL) и я получаю следующую ошибку 

Error in curl::curl_fetch_memory(url, handle = h) : 
  Failed to connect to api.github.com port 80: Timed out

Кто-нибудь может дать дальнейшее понимание, как проблема может быть решена? Заранее спасибо

1 Ответ

0 голосов
/ 17 декабря 2018

Относительно случая № 4, описанного выше, похоже, существует проблема с curl и api.github.com.
Мой обходной путь - изменить аргумент host в devtools::install_github, как в примере ниже: 

devtools::install_github("gabraham/plink2R/plink2R", host = "https://api.github.com")
...