Это сработало для меня и сохранило всю мою историю нетронутой. Из неверной корневой папки (родительской, где вы случайно инициализировали репо):
Переместить папку:
mv .git thecorrectfolder/
Повторная инициализация репозитория git:
cd thecorrectfolder/
git init
Повторно добавьте все файлы, подтвердите и нажмите:
git add .
git commit -am 'fixing things'
git push origin master
Готово! Купи себе пива.
Когда вы фиксируете git-репо после повторной инициализации, вы получите кучу выходных данных, которые выглядят так:
rename {ethanode/coffee => coffee}/app.coffee (100%)
Другими словами, все ваши ссылки из родительской папки и переименовываются в правильную папку.