Как сделать тиббл сохраненным с помощью write_tsv для чтения read_tsv - PullRequest
Новая
       12

Как сделать тиббл сохраненным с помощью write_tsv для чтения read_tsv

0 голосов
/ 26 апреля 2018

У меня довольно большой tibble() (data.frame), который я сохраняю с write_tsv() и хотел бы прочитать с read_tsv(). Я использую все параметры по умолчанию. Однако read_tsv() выдает кучу предупреждений (см. Пример ниже). Какую стратегию я могу использовать, чтобы она работала?

(также пробовал write_csv() -> read_csv(), но та же проблема). Решение, которое я имею до сих пор, состоит в том, чтобы использовать read.csv(..., sep="\t"), но read.csv() существенно медленнее. 

> class(PulsarAnnotated2)
[1] "tbl_df"     "tbl"        "data.frame"
> write_tsv(PulsarAnnotated2, path="PulsarAnnotated2.txt")
> PAnnotated <- read_tsv("PulsarAnnotated2.txt")
Parsed with column specification:
cols(
  .default = col_integer(),
  ait_response = col_character(),
  sex = col_logical(),
  rep.delta_npt_score = col_double(),
  rep.rqlq_score_at_inclusion = col_double(),
  rep.rqlq_score_at_evaluation = col_double(),
  aep.delta_csm_score = col_double(),
  DataSet = col_character(),
  sampling_date = col_character(),
  ait_allergen = col_character(),
  R.FileName = col_character(),
  PG.ProteinAccessions = col_character(),
  PG.ProteinGroups = col_character(),
  PG.Quantity = col_double(),
  EG.iRTPredicted = col_double(),
  EG.IsDecoy = col_character(),
  EG.ModifiedSequence = col_character(),
  EG.PrecursorId = col_character(),
  EG.StrippedSequence = col_character(),
  EG.Qvalue = col_double(),
  EG.Svalue = col_double()
  # ... with 7 more columns
)
See spec(...) for full column specifications.
|===============================================================================================================================================| 100%  291 MB
Warning: 1134671 parsing failures.
row # A tibble: 5 x 5 col     row col                 expected               actual file                   expected   <int> <chr>               <chr>                  <chr>  <chr>                  actual 1 16609 sex                 1/0/T/F/TRUE/FALSE     M      'PulsarAnnotated2.txt' file 2 16609 rep.delta_csm_score no trailing characters .52    'PulsarAnnotated2.txt' row 3 16610 sex                 1/0/T/F/TRUE/FALSE     M      'PulsarAnnotated2.txt' col 4 16610 rep.delta_csm_score no trailing characters .52    'PulsarAnnotated2.txt' expected 5 16611 sex                 1/0/T/F/TRUE/FALSE     M      'PulsarAnnotated2.txt'
... ............................ [... truncated]
Warning message:
In rbind(names(probs), probs_f) :
  number of columns of result is not a multiple of vector length (arg 1)
...