Преобразование скрипта Bash STDIN в двоичный исполняемый файл - PullRequest
Новая
       22

Преобразование скрипта Bash STDIN в двоичный исполняемый файл

0 голосов
/ 27 августа 2018

Я разработал два bash-скрипта как часть большого конвейера для обработки некоторых файлов в других выходных данных.

Способ, которым я создал bash-скрипты, позволяет вам вводить необходимые переменные как процесс stdin, а затем запускать скрипт для генерации желаемого результата.

Вот пример скриптов: 

#! usr/bin/sh

read -p 'Insert PATH to FASTA file: ' FASTA
read -p 'Insert PATH to output: ' OUT
read -p 'Insert PATH to Bowtie Index Genome Reference: ' REF
read -p 'Insert PREFIX output name: ' X


#Alignig miRNA sequences with Reference Genome Bowtie Index

bowtie -f -p 16 -n 1 -l 10 -m 100 -k 1 --best --strata $REF $FASTA -S $OUT$X.sam 2>$OUT$X.log

.
.
.

Когда я хочу выполнить этот скрипт, я просто запускаю его в оболочке и записываю необходимые пути к требуемым файлам и строкам, чтобы он мог создать желаемый результат. До здесь, это работает.

Но

Есть ли способ преобразовать этот скрипт в двоичный исполняемый файл типа: 

$Program -FASTA <path to fasta> -OUT <path to output> -REF <path to reference genome> -X <prefix>

Таким образом, я мог бы выполнить скрипт более плавно, потому что, как он у меня сейчас, не позволяет автозаполнять пути с помощью \ t, и я хотел бы сделать какой-нибудь исполняемый файл для хранения его в Github для свободного использования.

Я читал о программе shc, но думаю, что это на самом деле не то, что мне нужно.

Любая помощь?

Спасибо

...