Попробуйте это:
In [1]: import numpy as np
In [3]: immask = np.zeros((2,8,8))
In [6]: immask[0, 3:5, 3:5] = 1
In [7]: immask[1, 2:6, 2:6] = 1
In [8]: immask
Out[8]:
array([[[0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0.],
[0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0.],
[0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0.],
[0., 0., 0., 1., 1., 0., 0., 0.],
[0., 0., 0., 1., 1., 0., 0., 0.],
[0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0.],
[0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0.],
[0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0.]],
[[0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0.],
[0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0.],
[0., 0., 1., 1., 1., 1., 0., 0.],
[0., 0., 1., 1., 1., 1., 0., 0.],
[0., 0., 1., 1., 1., 1., 0., 0.],
[0., 0., 1., 1., 1., 1., 0., 0.],
[0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0.],
[0., 0., 0., 0., 0., 0., 0., 0.]]])