Ответ srinath samala правильный в общем случае, но, как вы упомянули в комментарии, не все выходные данные перенаправляются в файл.
Это связано с тем, что некоторые выходные данные вашего приложения Flask перенаправляются на STDERR, а не только на STDOUT.
Чтобы перенаправить оба в ваш текстовый файл, вы хотите использовать это:
python app.py >> file.txt 2>&1