В списке файлов есть рекурсивный флаг
files <- list.files(path = "parent-folder", pattern = "\\.csv$", recursive = TRUE)
Возможно, безопаснее установить параметр path
в случае, если скрипт выполняется в /
или в другом месте (иногда R studio запускает скрипты по неожиданным путям).