Как мы можем сопоставить цис-регуляторные элементы с их конкретными промоторными регионами? - PullRequest
0 голосов
/ 26 апреля 2018

enter image description here

Я пытаюсь отобразить цис-элементы в области промотора интересующих нас генов.

У меня нет базы данных, с которой я работаю, но у меня есть список с нового сайта sogo; выводит формат в

Фактор сайта, Лок, ул, САЙТ

Итак, у меня есть позиция и позиция. Существуют ли какие-либо полезные R-пакеты для настройки моих данных на изображении, показанном выше, где вы можете сопоставить положительную и отрицательную цепи и назвать SITE как описание для маркера в регионах промотора? В конечном итоге было бы лучше настроить легенду, обозначающую различные регионы промоутеров по цвету.

1 Ответ

0 голосов
/ 04 мая 2018

Лучше всего использовать пакет ggbio:

http://www.bioconductor.org/packages/2.11/bioc/html/ggbio.html

В частности, см. «Глава 8: Визуализация геномных особенностей» в виньетке:

http://www.bioconductor.org/packages/2.11/bioc/vignettes/ggbio/inst/doc/ggbio.pdf

Добро пожаловать на сайт PullRequest, где вы можете задавать вопросы и получать ответы от других членов сообщества.
...