Как я могу исправить ошибки из-за проблем с квантильным графиком при запуске PRSice? - PullRequest
0 голосов
/ 23 марта 2020

Я работаю над проектом, который генерирует полигенные c оценки риска (PRS), и я довольно плохо знаком с языком кодирования. Для непосвященных, оценка риска polygeni c берет данные genti c многих пациентов и оценивает их на основании того, насколько они подвержены риску развития конкретного заболевания. Это сценарий с программным обеспечением, написанным на :

Rscript /home/molpsych/programs/PRSice2/PRSice.R --dir . \
    --prsice /home/data/programs/PRSice2/PRSice_linux \
    --base /home/path/to/file  \
    --target /home/path/to/file \
    --thread 6 \
    --snp SNP --A1 A1 --A2 A2 --stat BETA --pvalue p \
    --extract PRSice.valid \
    --binary-target T \
    --quantile 10 \
    --quant-break 10,20,30,40,50,60,70,80,90 \
    --quant-ref 10
    --covar /home/path to file

Программное обеспечение работало хорошо раньше, но при попытке вывести квантильные графики я получаю следующую ошибку:

Error in set_uneven_quant(argv$quant_break, argv$quant_ref, num_quant,  :
  Invalid quant-break. quant-break must be smaller than total number of quantiles and 
  quant-ref must be one of the quant-break
Calls: process_plot -> uneven_quantile_plot -> set_uneven_quant
Execution halted

Как я могу смягчить это?

Добро пожаловать на сайт PullRequest, где вы можете задавать вопросы и получать ответы от других членов сообщества.
...