Могу ли я перехватить предупреждающие сообщения во время преобразования формата в pybel? - PullRequest
Новая
       31

Могу ли я перехватить предупреждающие сообщения во время преобразования формата в pybel?

0 голосов
/ 05 января 2019

У меня есть список молекул в формате SMILES, которые я конвертирую в формат InChIKey. Тем не менее, некоторые из них генерируют предупреждения. Я хотел бы иметь возможность создать файл, показывающий предупреждения, сгенерированные в процессе преобразования каждой молекулы, чтобы член команды мог просмотреть их. Возможно ли захватывать эти сообщения программно, а не просто регистрировать их?

Фрагмент, иллюстрирующий то, что я хотел бы сделать: 

import pybel

smiles = pybel.readfile('smi', 'smiles.txt')
converted = []
for mol in smiles:
    smiles_str = mol.write('smiles')
    inchikey_str = mol.write('inchikey')
    warnings = None # Is there something I can do here to capture the warnings?
    converted.append((smiles_str, inchikey_str, warnings))
...