Как установить последний модуль Python через pip? - PullRequest
Новая
       44

Как установить последний модуль Python через pip?

1 голос
/ 06 ноября 2019

Я вижу openbabel 3.0.0 с pip3 search. Но когда я устанавливаю его с pip3 install, я получаю только 2.4.1. Что-то не так? Как установить последнюю версию? Спасибо.

Когда я пытаюсь указать версию, pip не находит ее. Это странно, учитывая, что версия на Pypi 3.0.0. https://pypi.org/project/openbabel/

$ pip3 install openbabel==3.0.0
ERROR: Could not find a version that satisfies the requirement openbabel==3.0.0 (from versions: 1.8, 1.8.1, 1.8.2, 1.8.4, 2.4.0, 2.4.1)
ERROR: No matching distribution found for openbabel==3.0.0

$ pip3 search openbabel
openbabel (3.0.0)  - openbabel: Python interface to the Open Babel chemistry library
pyOBabel (0.1.1)   - A python binding to openbabel chemical toolbox (http://openbabel.org)
$ pip3 install openbabel
Collecting openbabel
  Using cached https://files.pythonhosted.org/packages/9c/30/eb9c3d3d3b86981f6c6a7b8eceb6f4a13b9a12673efbc842b7cebe0ce39a/openbabel-2.4.1.tar.gz
Installing collected packages: openbabel
    Running setup.py install for openbabel ... error
    ERROR: Command errored out with exit status 1:
     command: /Library/Frameworks/Python.framework/Versions/3.8/bin/python3.8 -u -c 'import sys, setuptools, tokenize; sys.argv[0] = '"'"'/private/tmp/mktemp/pip-install-6d4dkzh2/openbabel/setup.py'"'"'; __file__='"'"'/private/tmp/mktemp/pip-install-6d4dkzh2/openbabel/setup.py'"'"';f=getattr(tokenize, '"'"'open'"'"', open)(__file__);code=f.read().replace('"'"'\r\n'"'"', '"'"'\n'"'"');f.close();exec(compile(code, __file__, '"'"'exec'"'"'))' install --record /private/tmp/mktemp/pip-record-xr3vrvho/install-record.txt --single-version-externally-managed --compile
         cwd: /private/tmp/mktemp/pip-install-6d4dkzh2/openbabel/
    Complete output (64 lines):
    running install
    running build_ext
    Warning: package openbabel-2.0 could not be found by pkg-config.
    Guessing Open Babel location:
    - include_dirs: ['/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/3.8/include/python3.8m', '/usr/local/include/openbabel-2.0']
    - library_dirs: ['/usr/local/lib']
    building '_openbabel' extension
    swigging openbabel-python.i to openbabel-python_wrap.cpp
    swig -python -c++ -small -O -templatereduce -naturalvar -I/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/3.8/include/python3.8m -I/usr/local/include/openbabel-2.0 -o openbabel-python_wrap.cpp openbabel-python.i
    openbabel-python.i:225: Error: Unable to find 'openbabel/babelconfig.h'
    openbabel-python.i:227: Error: Unable to find 'openbabel/data.h'
    openbabel-python.i:228: Error: Unable to find 'openbabel/rand.h'
    openbabel-python.i:229: Error: Unable to find 'openbabel/obutil.h'
    openbabel-python.i:230: Error: Unable to find 'openbabel/math/vector3.h'
    openbabel-python.i:232: Error: Unable to find 'openbabel/math/matrix3x3.h'
    openbabel-python.i:233: Error: Unable to find 'openbabel/math/transform3d.h'
    openbabel-python.i:234: Error: Unable to find 'openbabel/math/spacegroup.h'
    openbabel-python.i:238: Error: Unable to find 'openbabel/base.h'
    openbabel-python.i:240: Error: Unable to find 'openbabel/generic.h'
    openbabel-python.i:241: Error: Unable to find 'openbabel/griddata.h'
    openbabel-python.i:243: Error: Unable to find 'openbabel/chains.h'
    openbabel-python.i:244: Error: Unable to find 'openbabel/typer.h'
    openbabel-python.i:252: Error: Unable to find 'openbabel/plugin.h'
    openbabel-python.i:257: Error: Unable to find 'openbabel/oberror.h'
    openbabel-python.i:258: Error: Unable to find 'openbabel/format.h'
    openbabel-python.i:259: Error: Unable to find 'openbabel/obconversion.h'
    openbabel-python.i:260: Error: Unable to find 'openbabel/residue.h'
    openbabel-python.i:261: Error: Unable to find 'openbabel/internalcoord.h'
    openbabel-python.i:262: Error: Unable to find 'openbabel/atom.h'
    openbabel-python.i:263: Error: Unable to find 'openbabel/bond.h'
    openbabel-python.i:264: Error: Unable to find 'openbabel/reaction.h'
    openbabel-python.i:282: Error: Unable to find 'openbabel/mol.h'
    openbabel-python.i:289: Error: Unable to find 'openbabel/ring.h'
    openbabel-python.i:290: Error: Unable to find 'openbabel/parsmart.h'
    openbabel-python.i:291: Error: Unable to find 'openbabel/alias.h'
    openbabel-python.i:292: Error: Unable to find 'openbabel/atomclass.h'
    openbabel-python.i:294: Error: Unable to find 'openbabel/fingerprint.h'
    openbabel-python.i:296: Error: Unable to find 'openbabel/descriptor.h'
    openbabel-python.i:301: Error: Unable to find 'openbabel/forcefield.h'
    openbabel-python.i:303: Error: Unable to find 'openbabel/builder.h'
    openbabel-python.i:304: Error: Unable to find 'openbabel/op.h'
    openbabel-python.i:306: Error: Unable to find 'openbabel/chargemodel.h'
    openbabel-python.i:309: Error: Unable to find 'openbabel/phmodel.h'
    openbabel-python.i:310: Error: Unable to find 'openbabel/graphsym.h'
    openbabel-python.i:311: Error: Unable to find 'openbabel/isomorphism.h'
    openbabel-python.i:312: Error: Unable to find 'openbabel/query.h'
    openbabel-python.i:313: Error: Unable to find 'openbabel/canon.h'
    openbabel-python.i:315: Error: Unable to find 'openbabel/stereo/stereo.h'
    openbabel-python.i:318: Error: Unable to find 'openbabel/bitvec.h'
    openbabel-python.i:321: Error: Unable to find 'openbabel/rotor.h'
    openbabel-python.i:323: Error: Unable to find 'openbabel/rotamer.h'
    openbabel-python.i:324: Error: Unable to find 'openbabel/spectrophore.h'
    openbabel-python.i:374: Error: Unable to find 'openbabel/obiter.h'
    stereo.i:1: Error: Unable to find 'openbabel/stereo/tetranonplanar.h'
    stereo.i:2: Error: Unable to find 'openbabel/stereo/tetraplanar.h'
    stereo.i:3: Error: Unable to find 'openbabel/stereo/tetrahedral.h'
    stereo.i:4: Error: Unable to find 'openbabel/stereo/cistrans.h'
    stereo.i:5: Error: Unable to find 'openbabel/stereo/squareplanar.h'
    stereo.i:6: Error: Unable to find 'openbabel/stereo/bindings.h'

    Error: SWIG failed. Is Open Babel installed?
    You may need to manually specify the location of Open Babel include and library directories. For example:
      python setup.py build_ext -I/usr/local/include/openbabel-2.0 -L/usr/local/lib
      python setup.py install
    ----------------------------------------
ERROR: Command errored out with exit status 1: /Library/Frameworks/Python.framework/Versions/3.8/bin/python3.8 -u -c 'import sys, setuptools, tokenize; sys.argv[0] = '"'"'/private/tmp/mktemp/pip-install-6d4dkzh2/openbabel/setup.py'"'"'; __file__='"'"'/private/tmp/mktemp/pip-install-6d4dkzh2/openbabel/setup.py'"'"';f=getattr(tokenize, '"'"'open'"'"', open)(__file__);code=f.read().replace('"'"'\r\n'"'"', '"'"'\n'"'"');f.close();exec(compile(code, __file__, '"'"'exec'"'"'))' install --record /private/tmp/mktemp/pip-record-xr3vrvho/install-record.txt --single-version-externally-managed --compile Check the logs for full command output.

open-babel 3.0.0 устанавливается домашним пивом. 

$ brew info open-babel
open-babel: stable 3.0.0 (bottled), HEAD
Chemical toolbox
https://openbabel.org
/usr/local/Cellar/open-babel/3.0.0 (328 files, 19.5MB) *
  Poured from bottle on 2019-11-02 at 02:42:41
From: https://github.com/Homebrew/homebrew-core/blob/master/Formula/open-babel.rb
==> Dependencies
Build: cmake ✘, pkg-config ✔, rapidjson ✘, swig ✔
Required: cairo ✔, eigen ✔, python ✘
==> Options
--HEAD
    Install HEAD version
``

1 Ответ

1 голос
/ 06 ноября 2019

Судя по всему, сопровождающие openbabel не опубликовали ни одного полезного дистрибутива проекта для вашей системы. Похоже, вы используете Linux, но для Windows есть только встроенные колеса и нет исходного кода ( sdist ):

Вы можете перейти на более раннюю версию или установить непосредственно из репозитория исходного кода с помощью чего-то вроде следующего: 

pip install 'git+https://github.com/openbabel/openbabel.git@openbabel-3-0-0#egg=openbabel&subdirectory=scripts/python'

Примечание: к сожалению, это на самом деле не работает,потому что для некоторых файлов требуется предварительная обработка. В этом документе есть альтернативные инструкции по установке .

Лучше всего попросить сопровождающих выпустить диски sdist или Linux- на PyPI.

Похожие проблемы: https://github.com/openbabel/openbabel/issues/2067

...