"(т.е. человек покупает программу PHP и после оплаты получает ключ активации)"
Когда они приобретут программу, вы также передадите исходный код, чтобы вы не могли помешать им изменить код:)
Что вы можете сделать, так это построить свой сервис на основе модели «Программное обеспечение как услуга (SAAS)». Посмотрите на это и посмотрите, поможет ли это