Только потому, что ваше приложение выполняется предварительно, вам не нужно поддерживать предварительное управление исходным кодом для него. Верно и обратное: просто потому, что у вас есть облачное приложение, нет никакой причины использовать для него облачный источник контроля.
Не обслуживайте две отдельные системы. Здесь нет преимуществ и многочисленных минусов.
Либо придерживайтесь предварительной версии TFS, либо перенесите все в Azure DevOps. Лично я бы перешел на DevOps Azure, чтобы избежать бремени обслуживания и обновления инфраструктуры.