«linkprop» сохраняет свойства по нескольким вызовам (до тех пор, пока вы определяете переменную «link1, link2 ...»). Например, я связал ось Y верхнего ряда и ось Y нижнего ряда независимо. С третьим вызовом я смог связать все оси X вместе, сохранив независимую связь между осью Y.
Просто сохраняйте каждый вызов linkprop в другой переменной
ax{1,1} = subplot(2,2,1);
ax{1,2} = subplot(2,2,2);
ax{2,1} = subplot(2,2,3);
ax{2,2} = subplot(2,2,4);
link1 = linkprop([ax{1,1},ax{1,2}], 'YLim');
link2 = linkprop([ax{2,1},ax{2,2}], 'YLim');
link3 = linkprop([ax{1,1},ax{1,2},ax{2,1},ax{2,2}],'XLim');