Как мне управлять сертификатом, который я приобрел через сертификат службы приложений Azure в GoDaddy?
Вы не можете управлять сертификатом в GoDaddy, так как вы приобрели сертификат в Azure. А если вы хотите управлять сертификатом через Azure, вы можете выполнить следующие действия:
https://docs.microsoft.com/en-us/azure/app-service/web-sites-purchase-ssl-web-site