Прежде всего, вы установили путь к Python anaconda в системной переменной
причина Atom не сможет найти версию Python для Anaconda и получит Python по умолчанию или сломается.
Затем, чтобы проверить правильность установки Anaconda, попробуйте открыть Anaconda Navigator , если нет, переустановите.
Кроме того, никак не зависит от Atom , поскольку это просто редактор.
Проверьте настройки системы и попробуйте снова. Также убедитесь, что путь должен содержать версию Python для Anaconda, а не другую версию.
После добавления его в путь вы сможете использовать его из любой точки вашей системы.