Насколько я понимаю, /*.php
соответствует только php-файлам верхнего уровня.
Если вы хотите игнорировать все php-файлы:
$: cat ./.git/info/exclude
*.php
Вместо
$: cat ./.git/info/exclude
/*.php
Если вы хотите игнорировать php-файл в определенном каталоге:
$: cat ./.git/info/exclude
/wp-content/**/*.php