Вот что вы ищете:
plot_ly(economics, x = ~pop) %>%
config(displaylogo = FALSE, collaborate = FALSE,
modeBarButtonsToRemove = c(
'sendDataToCloud', 'autoScale2d', 'resetScale2d', 'toggleSpikelines',
'hoverClosestCartesian', 'hoverCompareCartesian',
'zoom2d','pan2d','select2d','lasso2d','zoomIn2d','zoomOut2d'
))
Поскольку возможные кнопки будут зависеть от типа графика, имейте в виду этот список.