Как вернуть матрицу значений z по координатам xy, чтобы построить трехмерную поверхность plot_ly в R? - PullRequest
Новая
       178

Как вернуть матрицу значений z по координатам xy, чтобы построить трехмерную поверхность plot_ly в R?

0 голосов
/ 02 мая 2020

Я хотел бы построить трехмерную поверхность с помощью пакета plot_ly в R.

У меня есть три вектора, которые включают значения x, y и z, как показано ниже; 

x <- rep(1,times=40) # 40 values 
y <- rep(2,times=40)
z <- rep(10, times=40)

С точки зрения использования функции add_surface, насколько я понимаю, мне нужна матрица значений z по координатам xy.

В противном случае это дает мне ошибку; 

plot_ly(x = x, y = y, z = z) %>% add_surface()

Error: `z` must be a numeric matrix

Как я могу сделать матрицу z?

(здесь матрица z должна иметь 1600 (40 * 40) значений)

Добавлено больше подробностей; Я надеюсь, что эти добавленные строки прояснят мой вопрос

Я знаю, что функция interp делает то же самое, что и в r, как получить трехмерную поверхность с широтой, долготой и z . Однако я не хочу использовать функцию interp в моем случае, потому что она сглаживает каким-либо образом (если я правильно понимаю).

В моем случае значения z - это данные, предсказанные по модели GAM, как показано в примере ниже; 

gam_fit <- gam(y~ s(x),data=df)
gam_pred <-  predict_gam(gamm_fit)
  x <- gam_pred$x
  y <- gam_pred$y
  z <- gam_pred$fit

1 Ответ

0 голосов
/ 04 мая 2020

Насколько я вижу, это невозможно с predict_gam, но вы можете сделать это с помощью стандартной функции predict следующим образом. Я буду использовать некоторые фальшивые данные, так как вы не предоставили воспроизводимый пример (или даже пример с двумя предикторами): 

library(mgcv)
x <- runif(100)
y <- runif(100)
z <- x^2 + y + rnorm(100)
df <- data.frame(x, y, z)
gam_fit <- gam(z ~ s(x) + s(y), data = df)

newx <- seq(0, 1, len=20)
newy <- seq(0, 1, len=30)
newxy <- expand.grid(x = newx, y = newy)
z <- matrix(predict(gam_fit, newdata = newxy), 20, 30)
library(plotly)
plot_ly(x = newx, y = newy, z = z) %>% add_surface()

Это приводит к выводу:

screenshot

...