Путаница, вероятно, вызвана PY-29611 проблемой - PyCharm сообщил о неудачных установках пакета как об успешных. Проблема с пользовательским интерфейсом PyCharm должна быть исправлена в 2018.1.2, тем временем попробуйте установить XGBoost из терминала, чтобы обнаружить реальную проблему, вызвавшую неудачную установку.