Вы не сказали, какую версию Cognos вы используете. В 11.0.7 ответ «Нет». При создании отчета и выборе шаблона любая информация о пакете в шаблоне игнорируется.
Альтернатива: вы можете предоставить «шаблонные» отчеты с большей конфигурацией, которую пользователь может скопировать в свою папку и затем отредактировать. Или же они могут открыть его на месте, отредактировать по мере необходимости, запустить, а затем отменить.