У меня есть некоторые медицинские данные МРТ в формате DICOM и NIfTI. Как преобразовать срезы в 16-битный png формат?
Я пробовал [miconv] (http://manpages.ubuntu.com/manpages/xenial/man1/miconv.1.html) внутри mitools пакета Ubuntu и [med2image] (https://github.com/FNNDSC/med2image) от GitHub.
Они, безусловно, могут конвертировать .nii с в .png с. Тем не менее, я страдаю от сильной потери интенсивности из-за того, что все они переведены в режим 8bit RGB. Где оригинальный NIfTI обычно в 16bit оттенках серого.
[man page] (http://manpages.ubuntu.com/manpages/xenial/man1/miconv.1.html) из miconv упоминается без знака 16 бит . Поэтому я попробовал что-то вроде
miconv pt000_t2tse_sag.nii pt00_t2tse_sag.png -wf u16bit
но вывод явно не является легальным файлом PNG.
Или, может быть, я вынужден написать собственный скрипт на python, использующий nibabel (pydicom) и imageio для выполнения этой работы.