Применение функции путем чтения изображения nii из двух разных папок и сохранения в другую папку - PullRequest
Новая
       105

Применение функции путем чтения изображения nii из двух разных папок и сохранения в другую папку

0 голосов
/ 05 февраля 2020

Допустим, у меня есть три папки: mprage_skullstripped, mask_mprage_skullstripped и preprocessed_mprage_skullstripped.

И я хочу прочитать их в этом отсортированном порядке, который работает хорошо, но проблема в том, что когда я применить fcm.fcm_normalize(subject_list[i], mask_list[i]) это не повторяется на всех изображениях nii.gz.

Может ли кто-нибудь помочь мне с этим?

Прямо сейчас я использую код 

import glob
import nibabel as nib
from intensity_normalization.normalize import fcm
subject_list = []
mask_list =[]
for subject in sorted(glob.glob('./mprage_skullstripped/*.nii.gz')):
    img = nib.load(subject)
    subject_list = img
for mask in sorted(glob.glob('./mask_mprage_skullstripped/*.nii.gz')):
    msk = nib.load(mask)
    mask_list = msk
i=0
for i in subject:
    normalized = fcm.fcm_normalize(subject_list[i], mask_list[i])
    nib.save(normalized, './preprocessed_mprage_skullstripped/out_'+ subject + '.nii.gz')
...