Я изменяю размер вокселя некоторых 3D-томов. Как мне отредактировать поле pixdim и вычислить новое affine?
У меня есть некоторые объемы МР, которые являются анизотропными, размеры вокселей, скажем, 0.5 x 0.5 x 3 мм. И у меня есть некоторый код для интерполяции их в изотропные (например, 0.5 x 0.5 x 0.5 мм воксел) объемы.
Проблема в том, что когда мне нужно сохранить файл, мне нужно вычислить аффинное отображение, чтобы сопоставить теперь более плотные вокселы в пространстве ijk со ссылкой на пространство xyz. Как мне это сделать?
Во-первых, я думаю использовать старый аффин и вычислить новый аффин.
Например, если том V имеет форму 256 x 256 x 20 вокселей с 0.5 x 0.5 x 3 размером вокселей и интерполирован в объем U 256 x 256 x 120 вокселей с 0.5 x 0.5 x 0.5 вокселями.
Старый аффин будет делать [255 255 19]OA = [X Y Z], а новый аффин должен делать [255 255 119]NA = [X Y Z], и мы знаем AX=B X=inverse(A)B.
Таким образом, новый аффин должен быть inverse([255 255 119])[X Y Z].
Однако обратная матрица существует только для квадратной матрицы. Не будет такой вещи inverse([255 255 119]).
И кажется, что в python-nibabel matlab-nifti-toolbox и так далее нет функции set_voxel_size. Как это так?
Как явно изменить размер вокселя?