Выравнивание файлов nifti с различными значениями формы и q_offset в заголовке - PullRequest
2 голосов
/ 11 апреля 2020

У меня есть все тело МРТ сканирование с заголовком ниже:

{

dim             : [  3 320 260  96   1   0   0   0]

pixdim          : [1.      1.40625 1.40625 3.      0.00436 0.      0.      0.     ]

qoffset_x       : -216.09375

qoffset_y       : -178.90625

qoffset_z       : -664.5

srow_x          : [   1.40625    0.         0.      -216.09375]

srow_y          : [   0.         1.40625    0.      -178.90625]

srow_z          : [   0.         0.         3.      -664.5]

}

Двоичные label-maps для различных органов во всем теле МРТ сканирования. Мне нужно объединить их вместе в один отличный файл label-map.
Один из label-map имеет другую форму и значения q_offset в заголовке, которые затрудняют объединение. Заголовок этого изящного файла карты меток ниже:

{

dim             : [ 3 55 49 28  1  1  1  1]

pixdim          : [1.      1.40625 1.40625 3.      1.      1.      1.      1.     ]

qoffset_x       : 119.41935

qoffset_y       : 106.36636

qoffset_z       : -503.68216

srow_x          : [ -1.40625   0.        0.      119.41935]

srow_y          : [  0.       -1.40625   0.      106.36636]

srow_z          : [  0.        0.        3.      -503.68216]

}

Когда я накладываю отдельную карту меток поверх всего тела МРТ сканирование с использованием 3dSlicer, оно накладывается идеально подходит для рассматриваемого органа, но, поскольку форма отличается, однажды после объединения всех карт-меток она не работает [Желтая карта-метка для органа селезенки].

Так выглядит в 3dSlicer [Ищите желтую область.].

enter image description here

Но ожидаемая область визуализации находится в правом нижнем углу ниже pi c. (Орган селезенки)

enter image description here

Поскольку разрешение вокселей одинаково, я думаю, что это как-то связано с различными значениями q_offset.

Пожалуйста, дайте мне знать, если у кого-нибудь есть решение.

...