Не уверен, что ответ на мой собственный вопрос - плохой моджо, но, поскольку я выяснил проблему, я решил поделиться ею ради потенциально других.
Кажется, было исправление для выполнения хранимых процедур для Subsonic, но оно не вошло в релиз 3.0.0.3. Из репозитория GitHub загрузите tarball, распакуйте его, откройте в VS2008, перестройте (убедитесь, что вы выполнили сборку выпуска) и используйте этот Subonic.Core.Dll по сравнению с тем, что был в выпуске 3.0.0.3. Это работает, и хранимая процедура успешно выполнена.
Woot!