Вы должны раздавить коммиты в вопросе до того, как вы перейдете на мастера. Сделайте это с интерактивной перебазировкой на самого последнего общего предка:
git rebase -i $(git merge-base master HEAD)
Таким образом, комбинированный коммит, представленный в виде патча, может быть применен к master
чисто:
git rebase master
Оригинальный первый коммит, который вы пытаетесь применить к мастеру, будет конфликтным, простым и понятным. Вы должны быть в состоянии проверить это «состояние» после его завершения, поэтому Git заставляет вас разрешить конфликт. Ваш фундаментальный вопрос сводится к тому, «как я могу применить патч, содержащий конфликт, не создавая конфликт», чего вы явно не можете сделать. Сначала уничтожая коммиты, вы избавляетесь от необходимости применять конфликтующий коммит.