Сообщение об ошибке «Неправильный компонент диапазона» от TMB (Максимальный градиентный компонент не рассчитан) - PullRequest
Новая
       26

Сообщение об ошибке «Неправильный компонент диапазона» от TMB (Максимальный градиентный компонент не рассчитан)

0 голосов
/ 30 апреля 2018

Уважаемые пользователи TMB с горячим сердцем или пользователи, которые используют C ++ в R и собираются мне помочь.

У меня, как у юного пользователя TMB, есть вопросы по поводу сообщений об ошибках от TMB.

Я обнаружил, что в моем коде есть ошибки. (2-я ошибка исправлена)

Результаты от gdbsource ()

1: Incomplete final line found on мой cpp файл (На самом деле это предупреждение, а не ошибка. Я хотел бы знать, почему это произошло.)

2: следующее сообщение об ошибке, появляющееся после компиляции:

Error in ev(obj$env$par): Wrong range component.

Error in ev(obj$env$par) : Wrong range component.
check1:            1
0.208386
9.70444e-005
6.95024e-005
8.33432e-005
7.90787e-005
5.96018e-005
7.0229e-005
9.99291e-005
0.000112216
0.000101964
9.13024e-005
8.54733e-005
8.77122e-005
8.77124e-005
8.36922e-005
6.80879e-005
0.000135715
0.00014771
6.97471e-005
5.73876e-005
5.2996e-005
7.63701e-005
check2: 0.367879
check3: 20.0855
check4: 0.00273944
check5: 0.0450492
check6: 0.0301974
Optimizing tape... Done
Error in ev(obj$env$par) : Wrong range component.
In addition: Warning messages:
  1: In nlminb(model$par, model$fn, model$gr) : NA/NaN function evaluation
2: In he(par) : restarting interrupted promise evaluation
outer mgc:  NaN
Error in nlminb(model$par, model$fn, model$gr) :
  gradient function must return a numeric vector of length 5
Execution halted
[Inferior 1 (process 8152) exited with code 01]
C:\Users\POPDYN~1\AppData\Local\Temp\RtmpkL2d5A\file1f1048dc1743:4: Error in sourced command file:
  No stack.
(gdb)

Есть ли у вас представление о второй ошибке?

Я ценю ваши усилия, отзывы, ваши советы и вашу помощь заранее!

Я прикрепил свои cpp, R коды и данные.

Я бы хотел разместить больше контента на этой странице. Основной проблемой в моем коде было определение параметра или вектора.

После комментария я запустил код, включающий часть cout. и результат

Код CPP (пересмотренный) 

template<class Type>
Type objective_function<Type>::operator() ()
{
  //data
  DATA_VECTOR(C);
  DATA_VECTOR(I);
  int n = C.size();

  //free parameters
  PARAMETER(logR);
  PARAMETER(logK);
  PARAMETER(logQ);
  PARAMETER(logsdproc);   //log(sd) in the process error;
  PARAMETER(logSigma);
  PARAMETER_VECTOR(P);

  Type r = exp(logR);
  Type k = exp(logK);
  Type q = exp(logQ);
  Type sdproc = exp(logsdproc); 
  Type sigma = exp(logSigma);

  //derived parameters
   vector<Type> Ihat(n);

  Type f = 0.0;
  Type fpen = 0.0;
  Type tmpP;
  P(0)=1.0;

  for(int t=0; t<(n-1); t++)   {

    //P(t)=B(t)/k;
    tmpP = P(t) + r*P(t)*(1-P(t))-C(t)/k;
    P(t+1) = posfun(tmpP, Type(0.01), fpen);

    f += fpen;
    f -= dnorm(log(P(t+1)), log(tmpP), sdproc, true);
    };

  for(int t=0; t<n; t++)   {
    Ihat(t)=q*P(t)*k;
  };

  f -= sum(dnorm(log(I), log(Ihat), sigma, true));

  REPORT(P);
  REPORT(Ihat);     // plot
  REPORT(fpen);

  std::cout << " check1: " << P << std::endl; //thank you Wave!
  std::cout << " check2: " << r << std::endl;
  std::cout << " check3: " << k << std::endl;
  std::cout << " check4: " << q << std::endl;
  std::cout << " check5: " << sdproc << std::endl;
  std::cout << " check6: " << sigma << std::endl;
  return f;
}

albacore <- read.table("albacore.csv", header=TRUE, sep=",")
albacore
names(albacore) <- c("t", "C", "I")
n=c(dim(albacore)[1])  #the number of Bs

parameters <- list(logR=-1.0, logK=3.0, logQ=-5.9, logsdproc=-3.1, logSigma=-3.5, P=rep(0.3,n));
parameters

require(TMB)

compile("scalbav2.cpp", "-O1 -g", DLLFLAGS="")
dyn.load(dynlib("scalbav2"))

library(TMB)
gdbsource("scalbav2.R", interactive=TRUE)

################################################################################

model<- MakeADFun(albacore, parameters, random="P", DLL="scalbav2")

model$par

length(parameters$P)

fit <- nlminb(model$par, model$fn, model$gr)
rep <- sdreport(model)

print(summary(rep))

Данные 

year    catch   cpue
1967    15.9    61.89
1968    25.7    78.98
1969    28.5    55.59
1970    23.7    44.61
1971    25.0    56.89
1972    33.3    38.27
1973    28.2    33.84
1974    19.7    36.13
1975    17.5    41.95
1976    19.3    36.63
1977    21.6    36.33
1978    23.1    38.82
1979    22.5    34.32
1980    22.5    37.64
1981    23.6    34.01
1982    29.1    32.16
1983    14.4    26.88
1984    13.2    36.61
1985    28.4    30.07
1986    34.6    30.75
1987    37.5    23.36
1988    25.9    22.36
1989    25.3    21.91

Я также прикрепил sessioninfo: 

R version 3.5.0 (2018-04-23)
Platform: i386-w64-mingw32/i386 (32-bit)
Running under: Windows >= 8 (build 9200)
attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

other attached packages:
[1] TMB_1.7.13

loaded via a namespace (and not attached):
[1] compiler_3.5.0  Matrix_1.2-14   tools_3.5.0     grid_3.5.0     
[5] lattice_0.20-35
...