Я только что скопировал свой .emacs файл в новую только что установленную Ubuntu 16.04 и Emacs, установленный через apt. В любом случае magit - единственный пакет, который не удалось установить. Там написано:
Error (use-package): Failed to install magit: Package `emacs-25.1' is unavailable
Моя версия Emacs 24.5.1, а моя версия git 2.7.4. Я также попытался запустить M-x package-refresh-contents и вручную установить magit, используя package-install. Но ошибка все та же.