Сначала останавливает все процессоры, что означает, что потоковые файлы остаются в той очереди, в которой они находились, когда процессоры были остановлены. Затем он обновляет компоненты в потоке версий на месте, а затем снова запускает все. Итак, как вы описали, файл потока мог пройти через половину старого потока, а теперь проходит через вторую половину обновленного потока.
Если вам не нужно это поведение, вам нужно вручную убедиться, что вы истощаете группу процессоров, останавливая исходные процессоры или точки входа в группу процессов, и ожидая, пока все очереди не станут пустыми, прежде чем вносить изменение в версию, чтобы обновить.