Исходник .bashrc в Rstudio - PullRequest
Новая
       32

Исходник .bashrc в Rstudio

0 голосов
/ 30 апреля 2018

Я только что установил несколько модулей Perl локально в Ubuntu 18.04 LTS.

При вызове их с использованием RStudio Server, как это 

system("perl -MBio::TreeIO -e 1")

Я получаю следующую ошибку

Невозможно найти Bio / TreeIO.pm в @INC (может потребоваться установить модуль Bio :: TreeIO) (@INC содержит: / etc / perl / usr / local / lib / x86_64-linux-gnu / perl / 5.26.1 /usr/local/share/perl/5.26.1 /usr/lib/x86_64-linux-gnu/perl5/5.26 / usr / share / perl5 / usr / lib / x86_64-linux-gnu / perl / 5.26 /usr/share/perl/5.26 / usr / local / lib / site_perl / usr / lib / x86_64-linux-gnu / perl-base)

Когда я source ~/.bashrc в терминале, все в порядке.

Я попытался создать ~/.Rprofile, содержащий: 

system(". ~/.bashrc")

но ничего хорошего.

1 Ответ

0 голосов
/ 01 мая 2018

Согласно документации, доступ к которой выполняется при запуске help(Startup) в оболочке R, вы должны создать файл .Renviron в вашем домашнем каталоге, который будет прочитан при запуске нового сеанса R. Например:

.Renviron 

FOOBAR=/foo/bar/foo/bar

R shell 

R
R version 3.2.3 (2015-12-10) -- "Wooden Christmas-Tree"
Copyright (C) 2015 The R Foundation for Statistical Computing
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
...

> cat(Sys.getenv("FOOBAR"), "\n")
/foo/bar/foo/bar

Так что просто создайте файл .Renviron с переменной PERL5LIB, установленной в локальный каталог установки пакета perl.

...