Я работаю с данными метилирования ДНК Illumina 450K с использованием пакета minfi в R. Я пытаюсь создать объект RGSet из файлов idat и обнаружил эту ошибку: «Ошибка в xx [commonAddresses,« Среднее »]: нижний индекс вне пределов ".
path = "~/kendrix/macular_degeneration/data/idats/E-MTAB-5535"
targets <- read.metharray.sheet(path)
baseDir <- system.file(path, package = "minfiData")
sub(baseDir, "", targets$Basename)
#Create RGSet object.
AE_RGSet <- read.metharray.exp(targets = targets, verbose = TRUE)
Я уже несколько раз использовал функцию read.metharray.exp для создания объектов RGSet для других проектов, но это первый раз, когда я столкнулся с этой проблемой. Я попытался использовать ту же функцию для создания объекта RGSet для другого проекта, и он работает, поэтому я не уверен, почему возникла эта ошибка.
Я сверил свои файлы idat с моей таблицей образцов, которая была необходима для создания объекта RGSet, и все идентификаторы совпадают с образцами в таблице образцов.
Я использую R версии 3.6.3 и minfi версии 1.32.0. Любая помощь или предложения приветствуются. Спасибо.