Такой запрос все равно не имеет смысла.
Допустим, вы упростили исходный SOQL следующим образом:
SELECT Id, UserId, TerritoryId, IsActive
FROM UserTerritory
WHERE UserId NOT IN (SELECT UserId FROM UserTerritory)
Salesforce не позволит вам сделать это, и будет выдано исключение:
The inner and outer selects should not be on the same object type
Если ожидается более тщательный анализ, необходимы дополнительные подробности по теме (в идеале, примеры данных).