ggboxplot - верхняя часть графиков не строится - PullRequest
Новая
       6

ggboxplot - верхняя часть графиков не строится

0 голосов
/ 30 апреля 2018

Я пытался построить серию коробочных графиков, используя функцию ggboxplot (), связанную с stat_compare_means - используя stat_compare_means () - без особого успеха. Когда я не пытаюсь зафиксировать границы осей x и y, я могу построить все так, как я хочу. Тем не менее, я должен зафиксировать пределы оси Y, чтобы сделать мои блокпосты сопоставимыми по разным областям / образцам. Когда я исправляю эти пределы, верхняя часть моих графиков обрезается, и я не вижу уровней значимости сравнения средних значений.

Код, который я использую для создания коробочных диаграмм без фиксирования ограничений по оси y, следующий: 

p1 <- ggboxplot(temp3[which(temp3$Nucleus == "Bolivia"),], x = "Biome", y = 
"pH",
          color = "Biome", add = "jitter", shape = "Biome",
          palette = c("springgreen4", "blue", "gray50"))
p2 <- ggboxplot(temp3[which(temp3$Nucleus == "Brazil"),], x = "Biome", y = 
"pH",
                color = "Biome", add = "jitter", shape = "Biome",
                palette = c("springgreen4", "blue", "gray50"))
p3 <- ggarrange(p1 + stat_compare_means(comparisons=my_comparisons),
            p2 + stat_compare_means(comparisons=my_comparisons),
            labels = c("Bolivia", "Brazil"),
            ncol = 2, nrow = 1)

И вот как я пытался исправить пределы оси Y, чтобы у меня были одинаковые ограничения для всех моих коробочных графиков: 

p1 <- ggboxplot(temp3[which(temp3$Nucleus == "Bolivia"),], x = "Biome", y = 
"pH",
          color = "Biome", add = "jitter", shape = "Biome",
          palette = c("springgreen4", "blue", "gray50"))
p2 <- ggboxplot(temp3[which(temp3$Nucleus == "Brazil"),], x = "Biome", y = 
"pH",
                color = "Biome", add = "jitter", shape = "Biome",
                palette = c("springgreen4", "blue", "gray50"))
p1.1 <- ggpar(p1, ylim = c(3,9), ylab = "pH")
p2.1 <- ggpar(p2, ylim = c(3,9), ylab = "pH")
p3 <- ggarrange(p1.1 + stat_compare_means(comparisons=my_comparisons),
            p2.1 + stat_compare_means(comparisons=my_comparisons),
            labels = c("Bolivia", "Brazil"),
            ncol = 2, nrow = 1)

Использование ggarrange () правильно работало с осями, но теперь я не вижу всех парных средних сравнений, которые у меня есть в верхней части моих коробочных графиков. Что мне делать, чтобы справиться с этой проблемой?

Любая помощь очень ценится.

Спасибо

Pedro

...