Вы выполняете эту команду в macOS mojave?
У меня раньше была такая же ситуация, я нашел решение здесь .
попробуйте сначала выполнить эту команду:
xcode-select --install
затем выполните:
sudo installer -pkg /Library/Developer/CommandLineTools/Packages/macOS_SDK_headers_for_macOS_10.14.pkg -target /
затем попробуйте выполнить pecl install mongodb
еще раз, все должно работать.