Это будет исправлено в версии 2.0.14. Версии до 2.0.13 теряют теги при объединении из командной строки или при использовании mergeDocuments(). appendDocument() не теряет теги, но имеет другие ошибки, которые также будут исправлены в 2.0.14. До релиза его можно протестировать с помощью снимка (номер 120 или новее).