Это, вероятно, проблема (со ссылкой на ваш комментарий).
Как указано здесь , установите ваши пакеты с:
sudo su - -c "R -e \"install.packages('shiny', repos='http://cran.rstudio.com/')\""
Это потому, что ваши приложения будут запускаться пользователем по имени shiny
, который, вероятно, не может получить доступ к пакету shiny
, потому что вы установили его как другого пользователя.