Необходимо добавить дополнительную строку "String x = in.readLine ();" после прочтения символа "sec = (char) in.read ();" в противном случае программа не будет продолжать принимать больше входных данных, см. комментарий ниже в коде. Обратите внимание, я не хочу использовать класс сканера.
import java.io.*;
class marks
{
public static void main(String args[])
{
BufferedReader in=new BufferedReader(new InputStreamReader(System.in));
int rl,m1,m2,m3,tot=0;
String nm,cl;
nm=cl="";
char sec='A';
double avg=0.0d;
try
{
System.out.println("Enter the information of the student");
System.out.print("roll no:");
rl=Integer.parseInt(in.readLine());
System.out.print("class:");
cl=in.readLine();
System.out.print("section:");
sec=(char)in.read();
String x=in.readLine(); /* have to add this line only then marks of 3 subject can be inputed */
System.out.println("marks of three subjects "+x);
m1=Integer.parseInt(in.readLine());
m2=Integer.parseInt(in.readLine());
m3=Integer.parseInt(in.readLine());
tot=m1+m2+m3;
avg=tot/3.0d;
System.out.println("total marks of the students = "+tot);
System.out.println("avg marks of the students = "+avg);
}
catch (Exception e)
{};
}
}