В списке Изабель я получила ответ на эту проблему:
Ошибка указывает, что файл $ ISABELLE_HOME_USER / etc / preferences находится в плохом состоянии: файл записывается каждый раз, когда Isabelle / jEdit завершает работу, и выключение компьютера в середине могло повредить его.
Вы можете попытаться восстановить или удалить этот файл. Расположение $ ISABELLE_HOME_USER в Windows обычно выглядит примерно так: C: \ Users \ my_name.isabelle \ Isabelle2018.
Я думаю, что с этой проблемой могут столкнуться другие люди в сообществе, и этот ответ может сэкономить им время.