Под "обновлением базы данных" я бы предположил, что вы имеете в виду свою пользовательскую базу данных, а не любую из баз данных SharePoint?
Создайте базу данных, чтобы у вас был какой-то механизм для сохранения версии. В самой простой форме таблицы конфигурации со строкой / столбцом версии будет достаточно.
Вы можете в событии активированной функции разместить код, который проверяет версию вашей базы данных и, при необходимости, выполняет любые пользовательские сценарии T-SQL, которые обновляют вашу базу данных.