Вам нужны эти изменения web.config для всех веб-приложений? В том числе центральный админ?
Первое изменение, которое я хотел бы сделать, - сделать его областью действия веб-приложения и выборочно активировать необходимое веб-приложение.
Кроме того, не включайте его по умолчанию при установке. Если вы развертываете через скрипт, используйте отдельную команду для активации. Таким образом, вы можете легко отлаживать, если узкое место находится в развертывании или активации.