Удаление приложения и установка свежих ДОЛЖНЫ работать.
Вы удаляете систему при входе в систему как обычный пользователь на этом компьютере или как администратор?
Если вы не входите в систему как пользователь, которого пытаетесь поддержать, возможно, это ваша проблема. Приложения ClickOnce устанавливаются в изолированной программной среде для каждого пользователя, поэтому, если вы и я совместно используем компьютер, и мы оба устанавливаем приложение через ClickOnce, если вы обновляетесь, это никак не влияет на меня. То же самое касается удаления.
Во всяком случае, у нас была похожая ситуация здесь. Наши конечные пользователи, как правило, не имеют доступа к установке и удалению программ из-за параметров групповой политики, поэтому наши администраторы входили в систему с использованием своих учетных записей администратора и удаляли их, но когда вы вошли в систему как пользователь, приложение все еще было там. В итоге нам пришлось изменить параметры групповой политики и удалить их, войдя в систему как пользователь.