Я столкнулся с этой проблемой почти два года назад. На самом деле хорошего обходного пути нет, если RenewCert не подойдет вам. Я даже написал по электронной почте полномочия ClickOnce, Брайана Нойеса, и получил подтверждение, что хороших обходных путей не было.
Мы закончили тем, что купили 3-летний сертификат и сказали нашим пользователям удалить. Однако, если я правильно помню, пользователи получали сообщения об ошибках только при запуске приложения из меню «Пуск». Если они заходили на веб-страницу, приложение устанавливалось и работало нормально. Конечно, у клиента тогда было 2 версии приложения на своих машинах :). Я не могу вспомнить, что случилось с ярлыками меню «Пуск» в этом сценарии.