Начните с либерального использования атрибута [SuppressMessage]. По крайней мере, в начале. Как только вы получите счетчик с помощью атрибута, вы добавите в правило, что новые проверки не могут представлять нарушения FxCop.
Visual Studio 2008 имеет замечательную функцию анализа кода, которая позволяет вам гарантировать, что анализ кода выполняется при каждой сборке, и вы можете рассматривать предупреждения как ошибки. Это может немного замедлить работу, поэтому я рекомендую настроить сервер непрерывной интеграции (например, CruiseControl.NET) и запускать анализ кода при каждой регистрации.
Как только вы получите контроль и не будете вводить новые нарушения при каждой регистрации, начните разбирать целые классы нарушений FxCop за один раз с целью удаления использованных атрибутов SuppressMessage.
Чтобы отслеживать, какие из них вы действительно хотите сохранить, всегда добавляйте значение Justification к тем, которые вы действительно хотите подавить.