Вы можете запустить поток и выполнить вызов delete_stack()
из этого дочернего потока. Родительский поток продолжит выполнение. В качестве альтернативы вы можете сделать это в подпроцессе, используя многопроцессорный модуль Python для достижения того же: https://docs.python.org/2/library/multiprocessing.html.
Другим решением было бы использование asyncio в Python с https://github.com/aio-libs/aiobotocore. Таким образом, вам не придется создавать дочерние потоки или подпроцессы. Все будет работать в одном потоке.