Похоже, что у вас установлены конфликтующие пакеты из «нечетных» мест.
1:java-1.8.0-openjdk-devel-1.8.0.181-3.b13.el7_5.i686 is obsoleted by 2000:gd-jdk8-1.8.0_92-fcs.x86_64 говорит нам, что gd-jdk8 предоставляет то же самое, что и java-1.8.0-openjdk-devel, но R не любит это имя и хочет правильный пакет java и java-devel.
Первое, что вам нужно сделать, это отключить все эти нечетные репозитории, которые вы включили, и использовать только репо epel base и updates.
Если вы перейдете к; /etc/yum.repos.d/ вы должны найти папку, полную файлов. откройте их и измените enabled=1 на enabled=0, что отключит их.
Теперь вы должны быть в состоянии yum erase gd-jdk8 и удалить его вместе со всеми deps. Тогда вы сможете сделать yum install java-devel, что даст вам правильную версию.
Как только вы это сделаете, вам нужно будет понизить версию своих пакетов R-core и libRmath, как это видно из нашего чата , у вас есть несколько способов установить более новые версии тех, которые R также хочет.
Do; yum downgrade R-core libRmath и скажите «да» дпс. Это должно привести вас к правильной версии, которая вам нужна.
Наконец, сделайте yum install R и, если повезет, он установится для вас!
Похоже, что многие пакеты могут быть предоставлены внутренним репозиторием или чем-то еще, так как у вас было много префиксов 'gd', которые на самом деле не gd, как люди могут ожидать! Я хотел бы поговорить с вашей операционной / ИТ-командой, чтобы узнать, что происходит.
И, наконец, помните, что вы отключили все эти другие репозитории - ну, возможно, вы захотите включить их сейчас, НО ... если вы когда-нибудь сделаете yum update, убедитесь, что вы знаете, что он собирается делать, так как он может попытаться заменить его. вещи с этими префиксными пакетами 'gd'.
Yum на самом деле сказал вам, что не так с is obsoleted строкой. Но для того, чтобы покопаться в глубине, требуется немного больше знаний, особенно когда вы не уверены, на что вы смотрите, и это не «стандартная» установка CentOS!