Я только что столкнулся с той же проблемой. Похоже, Microsoft что-то обманул в этом репо, я уверен, что они в конечном итоге это исправят. Время от времени это происходит на разных репозиториях.
Чтобы выполнить остальные обновления, исключая обновления Microsoft, попробуйте следующее:
yum clean all
yum clean metadata
yum makecache
yum update --disablerepo=packages-microsoft-com-prod
Примечание: первые 3 строки могут не понадобиться в вашей ситуации, однако они дают точную начальную точку, если вы не выполняли обновления в течение некоторого времени.