Когда вы устанавливаете SSH-туннель, ваш клиент видит только порт в локальной коробке (или другой коробке). Он не понимает, что это просто прокси, и обрабатывает его как любой другой порт.
Следовательно, нет разницы для MyBatis или JDBC. Просто проверьте порт с помощью предпочитаемого вами инструмента JDBC (я использую SQuirrel SQL Client), чтобы убедиться, что порт активен и отвечает, а затем попробуйте его с MyBatis.
Если это все еще не работает, пожалуйста, опишите, с какой конкретной ошибкой вы столкнулись.
Просто записка. Я нахожу туннели SSH несколько ненадежными. Они имеют тенденцию ломаться легко для меня. Ну, может быть, только мой опыт.